Gimnazjum Akademickie, zwane Ateneum Gdańskim, było miejską szkołą kształcącą w duchu reformacji. Otwarcie placówki, która mieściła się w dawnym klasztorze franciszkańskim, odbyło się 13 czerwca 1558 r. Pierwszym rektorem Gimnazjum został Johann Hoppe (ok. 1510–1565). Uczelnia ta cieszyła się sporym zainteresowaniem wśród młodzieży protestanckiej, ponieważ Uniwersytet Krakowski był postrzegany jako ostoja katolicyzmu. Według ówczesnego systemu oświaty, gdańskie Gimnazjum plasowało się pomiędzy szkołami średnimi a uniwersytetami. Najwyższe utworzone w nim klasy zwano prima i secunda. Siedmiu profesorów prowadziło wykłady z następujących dziedzin: teologia, prawo i historia, fizyka oraz medycyna, filozofia, wymowa wraz z poezją, greka i języki orientalne, a także matematyka. Nieco później rozpoczęto nauczanie języka polskiego. Po zaliczeniu dwóch najwyższych klas uczniowie byli najczęściej przyjmowani na trzeci rok studiów uniwersyteckich. Naukę kontynuowali na zachodzie Europy, gdzie dużą popularnością wśród absolwentów cieszyły się uniwersytety w Wittenberdze i Lipsku. Uczniowie Gimnazjum Akademickiego, po ukończeniu studiów na zagranicznych uczelniach, powracali do Gdańska. Przywozili ze sobą idee filozoficzne i pedagogiczne, które szeroko komentowano w miejskim środowisku. Początkowo gdańska uczelnia znajdowała się pod wpływem myśli Marcina Lutra, później zaczęto od niej odchodzić na rzecz myślenia w duchu kalwińskim. W tym aspekcie pierwowzorem dla Gdańska był uniwersytet w Zurychu.
Wśród kadry pedagogicznej nauczającej w Gimnazjum w wiekach XVI i XVII warto wymienić m.in. Jacoba Fabriciusa (1551–1629), Johanna Maukischa (1617–1669) oraz Bartholomäusa Keckermanna (1572–1609), który opublikował drukiem pierwszą w Rzeczypospolitej syntezę dotyczącą nawigacji i żeglugi. Poza prowadzeniem zajęć na naukowe życie w Gimnazjum składały się organizowane dysputy, obrony tez dyplomowych oraz dysertacji. Przy gdańskiej szkole działał teatr, w którym wystawiano sztuki klasyczne, a także związane z tematyką biblijną. Szkoła ta posiadała również bogaty księgozbiór. Tradycyjnie rektor Gimnazjum był pastorem w kościele św. Trójcy w Gdańsku. Największy rozkwit placówki przypada na XVII stulecie.
Jednym z najwybitniejszych uczonych, a zarazem nauczycieli Gimnazjum Akademickiego, był matematyk i astronom Peter Krüger, naukowy opiekun Jana Heweliusza. Krüger gościł w swojej pracowni wybitne osobistości świata nauki, m. in. Jana Brożka, prowadził także korespondencję z Johannesem Keplerem. Był zwolennikiem teorii heliocentrycznej i autorem jednego z pierwszych w Polsce podręczników astronomii. Swoje badania w przystępny sposób starał się przedstawiać w wydawanych drukach kalendarzowych.
Wśród gdańskich matematyków i astronomów na wymienienie zasługuje również Friedrich Büthner, który nauczał w miejscowym Gimnazjum od 1663 r. Nowym elementem, jaki pojawił się w jego wykładach była nautyka. Nauka ta miała na celu wskazywanie praktycznego zastosowania matematyki w żeglarstwie. Büthner był zwolennikiem utworzenia w mieście szkoły morskiej. Jacob Breyne to jeden z najwybitniejszych botaników gdańskich. Wydał on w formie drukowanej bogato zdobione opisy flory Pomorza Gdańskiego. Są to najcenniejsze zabytki sztuki typograficznej (obok dzieł Heweliusza), jakie powstały w Rzeczypospolitej w XVII w. Gdańsk tego okresu stanowił także przodujący ośrodek w kraju w dziedzinie medycyny i fizyki. Georg Seger jako jeden z pierwszych lekarzy w Rzeczypospolitej przeprowadził eksperymentalne sekcje zwłok. Gdańscy filozofowie, np. Samuel Schelwig i Friedrich Christian Bücher, odnosili się w swoich pracach do najnowszych zagranicznych idei reprezentowanych przez Thomasa Hobbesa, Kartezjusza i Hugona Grocjusza. W Gimnazjum Akademickim interesowano się także językoznawstwem. Głównym przedstawicielem tej dziedziny był Wolfgang Rosteuscher, który opracował syntezę gramatyki greckiej. W ramach nauki historycznej na wymienienie zasługuje Joachim Pastorius, który zajmował się dziejami Polski. Wydał on jeden z pierwszych podręczników do dziejów kraju Florus Polonicus. W 1687 r. ukazała się pierwsza szczegółowa monografia historii Gdańska, której autorem był Reinhold Curicke.
Obecnie w budynku po Gimnazjum Akademickim (wcześniej klasztorze franciszkańskim) mieści się gmach główny Muzeum Narodowego w Gdańsku. Obiekt został adaptowany do celów muzealnych w latach 1867–1871. Gdańskie muzeum należy do najstarszych w Polsce. Powstało z połączenia Muzeum Miejskiego (Stadtmuseum, 1870) i Muzeum Rzemiosł Artystycznych (Provinzial-Kunstgewerbemuseum, 1881).
Źródło: tekst dr Piotra Paluchowskiego do wystawy „Jan Heweliusz i Gdańsk jego czasów” w Muzeum Historycznym Miasta Gdańska w 2011 r.
